上田藩による帰藩の厳命により、赤松小三郎はひとまず上田へ帰る決心をしました。
慶応３年９月３日の午後４時頃、京都東洞院通り魚棚下ル町を過ぎたあたりで薩摩藩士桐野利秋（中村半次郎）らに不意に襲われ、小三郎は応戦する間もなく凶刃に倒れました。
赤松小三郎、数え年３７歳のことでした。
慶応３年９月４日朝、京都三条大橋南側擬宝珠に１枚、四条通東洞院角に１枚、小三郎を暗殺したことを知らせる斬奸状が首謀者の薩摩藩士桐野利秋らによって張り出されました。
「斬奸状の写し」 出典：上田市立博物館
慶応３年９月３日に暗殺された小三郎の遺体は、京都黒谷金戒光明寺に葬られました。
12月３日には小三郎の教えをうけた薩摩藩士（薩摩受業門生）によって墓碑が建てられました。
小三郎の遺髪は上田に送られて、鍛冶町の月窓寺に墓が建てられました。
左：京都黒谷金戒光明寺 右：長野県上田市月窓寺 出典：赤松小三郎顕彰会
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